Si bien el Parque Nacional Bahía de Loreto previó una subzonificación establecida en el año 2003, derivado de la revisión del Programa de Manejo se consideró oportuno modificarla para que la misma responda a las necesidades actuales de manejo del Área Natural Protegida. Es así que para el establecimiento de la subzonificación del presente instrumento, se tomó en consideración en primer lugar la categoría del Área Natural Protegida, así como lo establecido en el Decreto por el que se declara área natural protegida, con el carácter de Parque Marino Nacional, la zona conocida como Bahía de Loreto, ubicada frente a las costas del Municipio de Loreto, Estado de Baja California Sur, con una superficie total de 206,580-75-00 hectáreas, y en segundo lugar se consideró lo previsto por los artículos 47 BIS 1, de la Ley General del Equilibrio Ecológico y la Protección al Ambiente, el cual establece que en el caso en que la declaratoria correspondiente sólo prevea un polígono general, éste podrá subdividirse por una o más subzonas previstas para las zonas de amortiguamiento, atendiendo a la categoría de manejo que corresponda, tal es el caso del Parque Nacional Bahía de Loreto.