Subzonas de Preservación

Estas superficies se ubican en áreas del Parque Nacional que han sufrido nula o mínima alteración del hábitat y valores ecológicos como: alta biodiversidad, presencia de especies endémicas, aporte significativo a otros ecosistemas por su elevada productividad o porque son áreas de relevancia como reservorio genético y aporte de propágulos (etapa larvaria, alevines, juveniles y áreas de anidación). Tienen la finalidad de mantener las condiciones de los ecosistemas representativos del Parque Nacional en su estado natural, así como la continuidad de sus procesos ecológicos y el germoplasma que en ellos se contiene.
PreTI - De Preservación Terrestre, Los Islotes e Isla Catalana 
Esta subzona abarca una superficie total de 3,957.60 hectáreas, y abarca 10 polígonos que se nombran a continuación: La Islita, La Mestiza, Islote Blanco, Las Islitas, Islote Candeleros, Islote Las Tijeras, Islote Pardo, Las Galeras I, Las Galeras II, Isla Catalana o Santa Catalina, que por su tamaño pequeño son zonas muy vulnerables a las perturbaciones humanas y algunos de ellos poseen zonas de agregación de lobo marino de California (Zalophus californianus), que utiliza estas áreas como sitios de descanso y reproducción, y que es una especie en categoría de Protección Especial de acuerdo a la Norma Oficial Mexicana NOM-059-SEMARNAT-2010.
La Islita (Isla Coronados) - Polígono 1 
Comprende una superficie de 2.95 hectáreas, ubicado en el extremo Noroeste del Parque Nacional, y es una zona con vegetación escasa, principalmente de matorral bajo y cardones, es de gran relevancia este sitio por ser área de anidación de la gaviota pata amarilla (Larus livens) la cual aparece en la Norma Oficial Mexicana NOM-059-SEMARNAT-2010, Protección ambiental-Especies nativas de México de flora y fauna silvestres-Categorías de riesgo y especificaciones para su inclusión, exclusión o cambio-Lista de especies en riesgo, bajo estatus de protección especial. En ella realizan nidos sobre la arena o piedras, es una zona de alta vulnerabilidad y fácil de perturbar. La superficie marina que la rodea está conformada por fondos rocosos, por lo que no se considera apropiado para el turismo, ya que presenta una pendiente suave, además de estar entre dos canales que generan fuertes corrientes.
La Mestiza - Polígono 2 
Comprende una superficie de 1.40 hectáreas, corresponde a un sitio donde emerge un islote y forma un acantilado en donde permite que aves como el pelícano café, pelícano pardo, pelícano moreno, pelícano gris (Pelecanus occidentalis californicus) con categoría de amenazada, de acuerdo a la Norma Oficial Mexicana NOM-059-SEMARNAT-2010, descanse en lo alto de esta roca. En la parte baja existe una playa rocosa conocida como área de anidación del ostrero americano (Haematopus palliatus) y la gaviota pata amarilla (Larus livens), esta última especie sujeta a protección especial de acuerdo a la Norma Oficial Mexicana antes referida. A diferencia de otros islotes, en la parte superior de esta subzona existe vegetación escasa, de tipo matorral sarcocaule y algunos especímenes de choya (Opuntia cholla) y cardón (Stenocereus gummosus), entre otras especies xerófilas. La playa que se encuentra al Sureste de esta subzona permite la anidación de aves, por lo que se considera de alta vulnerabilidad y por las características fisiográficas no es apta para las actividades turísticas.
Islote Blanco - Polígono 3 
Comprende una superficie de 0.77 hectáreas, conformado por playas de piedra y roca, aunque la pendiente de la playa es suave, se convierte en una zona profunda a escasos metros de la playa. Este polígono se encuentra expuesta a vientos y mareas, por lo que no es considerada un sitio turístico, además es un sitio de alta vulnerabilidad para las especies de aves tales como el ostrero (Haematopus palliatus), las tijeretas (Fregata magnificens), así como la gaviota pata amarilla (Larus livens), esta última especie sujeta a protección especial de acuerdo a la Norma Oficial Mexicana NOM-059-SEMARNAT-2010.
Las Islitas - Polígono 4 
Comprende una superficie de 2.39 hectáreas, son islotes de roca emergida por su origen, en donde la vegetación es escasa, permite el establecimiento de anidación de aves como la gaviota pata amarilla (Larus livens) especie sujeta a protección especial de acuerdo a la Norma Oficial Mexicana NOM-059-SEMARNAT-2010, y en su parte alta anidan especies de aves como el águila pescadora o gavilán pescador (Pandion haliaetus). Por las características rocosas de este sitio resulta de difícil acceso a los turistas, además de ser una zona vulnerable para las aves que anidan en esos sitios.
Islote Candeleros - Polígono 5 
Comprende una superficie de 0.67 hectáreas, es un sitio conformado por un peñasco al cual no se tiene acceso debido a que carece de playa. Sin embargo, es un sitio que sirve de anidación o descanso para aves, entre las que se encuentra el águila pescadora o gavilán pescador (Pandion haliaetus) el cual anida en superficies elevadas.
Islote Las Tijeras - Polígono 6
Comprende una superficie de 2.59 hectáreas, es un sitio en el que se ha registrado anidación del ostrero (Haematopus palliatus) en la porción de la playa que es corta en amplitud, también se considera como un sitio de descanso para las aves tijeretas (Fregata magnificens). Este polígono es un lugar de difícil acceso que por sus características geomorfológicas no permite realizar actividades turísticas.
Islote Pardo - Polígono 7
Comprende una superficie de 2.87 hectáreas, se trata de una roca que emerge del mar, la cual no tiene acceso para actividades turísticas, y se considera como un sitio de anidación del ostrero (Haematopus palliatus) y la gaviota pata amarilla (Larus livens) especie sujeta a protección especial de acuerdo a la Norma Oficial Mexicana NOM-059-SEMARNAT-2010.
Las Galeras I - Polígono 8 
Comprende una superficie de 2.20 hectáreas, es una zona compuesta de una roca emergida la cual forma acantilados y a su alrededor presenta grandes rocas desprendidas en las cuales se encuentra una gran cantidad de aves que anidan, entre ellas están la gaviota pata amarilla (Larus livens) especie sujeta a protección especial de acuerdo a la Norma Oficial Mexicana NOM-059-SEMARNAT-2010. En sus alrededores se encuentra un área de descanso para el lobo marino de California (Zalophus californianus), especie en protección especial de acuerdo a la Norma Oficial Mexicana antes referida. De igual forma, este polígono no se considera como sitio idóneo para realizar actividades turísticas debido al difícil acceso y la elevada vulnerabilidad para las especies de aves que ahí anidan.
Las Galeras II - Polígono 9 
Este islote corresponde a una superficie de 3.36 hectáreas, en las cuales se encuentra una gran cantidad de aves que anidan, entre ellas están la gaviota pata amarilla (Larus livens) en protección especial y el pelícano conocido como café, pardo, moreno o gris (Pelecanus occidentalis californicus) especie en categoría de amenazada de acuerdo a la Norma Oficial Mexicana NOM-059-SEMARNAT-2010. En sus alrededores se encuentra un área de descanso para el lobo marino de California (Zalophus californianus), en protección especial de acuerdo a la misma Norma Oficial Mexicana. Asimismo, este polígono no se considera como sitio para realizar actividades turísticas debido al difícil acceso y la elevada vulnerabilidad para las especies de aves que ahí anidan.
Isla Santa Catalina - Polígono 10 
Que abarca una superficie de 3,938.40 hectáreas, ubicada al Sureste de la ciudad de Loreto. En esta Isla se encuentra una gran diversidad de especies de flora y fauna, caracterizada por biznagas gigantes (Ferocactus diguetti var. digueti), las más altas de todo el Golfo de California, presentes en las islas. Sus características oceánicas hacen que sea diferente en vegetación y fauna, al resto de las otras cuatro islas que se encuentran dentro del Parque Nacional, es una de las que presentan un mayor endemismo y biodiversidad. Así mismo, las playas que se encuentran en esta Isla, son cortas y de pendiente abrupta, y se caracterizan por presentar poca arena y rocas en la mayor parte de su formación de basamentos graníticos, caracterizada por rocas de tipo plutónicas.
De lo anteriormente descrito, se desprende que en esta subzona se localizan nidos, sitios de reproducción y alimentación de especies endémicas y en alguna categoría de riesgo de conformidad con la Norma Oficial Mexicana NOM-059-SEMARNAT-2010, así como diversas especies de alto interés científico, por lo que se considera que las actividades que se puedan llevar acabo serán aquellas que permitan un manejo específico, para lograr su adecuada preservación, lo que redundará en beneficio de los ecosistemas presentes en el Parque Nacional Bahía de Loreto.
Este polígono, al corresponder a una de las islas más alejadas de la costa, es utilizada por pescadores de la región para realizar limpieza del producto capturado, saturando la arena de las playas de la isla de residuos orgánicos, conocidos como "sanguaza", cabe señalar que en algunas áreas de las islas e islotes, es una práctica común que los pescadores arriben a las playas para limpiar los productos marinos, sin embargo dado los impactos que genera esa actividad como: generación de residuos sólidos, acumulación de materia orgánica, modificaciones tróficas y fogatas, se ha provocado que aves y tortugas marinas ya no utilicen dichas playas para anidación, tal como se había registrado para años anteriores, por lo que se deben restringir dichas actividades. No obstante, dado que las características de estos islotes e Isla, tienen playas que permiten en la mayoría de los casos, refugiarse o resguardarse del mal tiempo como son los vientos y mareas intensas, las cuales pueden provocar la volcadura de las embarcaciones, se permitirá el desembarco, exclusivamente en las situaciones antes descritas.
En esta subzona se ubican algunas playas, que contienen elementos biogénicos, tales como: corales, bivalvos y rodolitos, así como recursos pétreos. Estos son atributos que soportan procesos ecológicos como reproducción, alimentación y hábitat de diversas especies de aves. Si bien es cierto que el artículo 47 BIS 1, cuarto párrafo, de la Ley General del Equilibrio Ecológico y la Protección al Ambiente, dispone que en los parques nacionales podrán establecerse subzonas de uso público y de recuperación, también es cierto que las características que la propia Ley atribuye a este tipo de subzonas no contemplan en su totalidad los objetivos de conservación establecidos en la declaratoria del Parque Nacional, particularmente en lo relativo a las características de la superficie descrita en el párrafo anterior.
En tal virtud, la Secretaría de Medio Ambiente y Recursos Naturales, por conducto de la Comisión Nacional de Áreas Naturales Protegidas, estima que es procedente utilizar el esquema alterno que prevé el Artículo Tercero Transitorio del Decreto por el que se reforman los artículos 28 y 48, y se adiciona por una lado una fracción XXXVII al artículo 3º y por otro los artículos 47 BIS y 47 BIS 1 de la Ley General del Equilibrio Ecológico y la Protección al Ambiente, publicado en el Diario Oficial de la Federación el 23 de febrero de 2005, para compatibilizar los objetivos de conservación del Parque Nacional Bahía de Loreto con las actividades que se han venido desarrollando en el lugar, las cuales corresponden a las reguladas bajo el régimen de la subzona de preservación de la Ley General del Equilibrio Ecológico y la Protección al Ambiente.
Por las características anteriormente descritas, las razones mencionadas en los párrafos que anteceden y de conformidad con lo establecido por el artículo 47 BIS, fracción II, inciso a) de la Ley General del Equilibrio Ecológico y la Protección al Ambiente, que dispone que las subzonas de Preservación son aquellas superficies en buen estado de conservación que contienen ecosistemas relevantes o frágiles, o fenómenos naturales relevantes, en las que el desarrollo de actividades requiere de un manejo específico, para lograr su adecuada preservación; y en donde sólo se permitirán la investigación científica y el monitoreo del ambiente, las actividades de educación ambiental y las actividades productivas de bajo impacto ambiental que no impliquen modificaciones sustanciales de las características o condiciones naturales originales, promovidas por las comunidades locales o con su participación, y que se sujeten a una supervisión constante de los posibles impactos negativos que ocasionen, de conformidad con lo dispuesto en los ordenamientos jurídicos y reglamentarios que resulten aplicables, en correlación con lo previsto por los artículos Tercero, Cuarto, Quinto, Sexto y Séptimo del Decreto por el que se declara área natural protegida, con el carácter de Parque Marino Nacional, la zona conocida como Bahía de Loreto, ubicada frente a las costas del Municipio de Loreto, Estado de Baja California Sur, publicado en el Diario Oficial de la Federación el 19 de julio de 1996, es que se determinan como actividades permitidas y no permitidas, en esta Subzona de Preservación Terrestre Los Islotes e Isla Catalana, las siguientes:
Actividades en PreTI - Subzona de Preservación Terrestre Los Islotes e Isla Catalana
Actividades permitidas
Actividades no permitidas
1. Colecta científica de recursos biológicos forestales 
2. Colecta científica de ejemplares de la vida silvestre 
3. Filmaciones, actividades de fotografía, la captura de imágenes o sonidos por cualquier medio, que no requieran de equipos compuestos por más de un técnico especializado como apoyo a la persona que opera el equipo principal 
4. Investigación científica y monitoreo del ambiente
5. Señalización con fines de administración y delimitación del Parque Nacional
1. Alterar o destruir por cualquier medio o acción los sitios de alimentación, anidación, refugio o reproducción de las especies silvestres 
2. Apertura de nuevos senderos 
3. Aprovechamiento extractivo de vida silvestre, salvo para colecta científica
4. Construcción de obra pública y privada
5. Desembarco, salvo para actividades de investigación científica y manejo del Parque Nacional; y para refugio de pescadores, exclusivamente en Isla Catalana o Santa Catalina
6. Extracción de elementos biogénicos, tales como corales, bivalvos y rodolitos, así como recursos pétreos
7. Instalación de campamentos turísticos y pesqueros
8. Introducir especies exóticas, incluyendo las invasoras
9. Limpiar, procesar o tirar productos provenientes de actividades pesqueras
10. Modificar la línea de costa
11. Sujetar embarcaciones a las rocas o riscos de los islotes como método de anclaje
12. Tránsito de vehículos motorizados
13. Turismo
14. Utilizar lámparas o cualquier fuente de luz para aprovechamiento u observación de ejemplares de la vida silvestre, salvo para colecta científica, investigación científica y monitoreo del ambiente
15. Verter o descargar contaminantes, así como desarrollar cualquier actividad contaminante 16. Hacer fogatas
PreMH - Subzona de Preservación Marina y Humedales
Esta subzona abarca una superficie de 6,219.30 hectáreas, está formada por 15 polígonos, y comprende diferentes ecosistemas marinos como arrecifes rocosos y humedales (esteros y manglares). Esta subzona abarca una superficie de 6,219.30 hectáreas, está formada por 15 polígonos, y comprende diferentes ecosistemas marinos como arrecifes rocosos y humedales (esteros y manglares). Estos ambientes son importantes por constituir áreas de agregación de especies (de importancia comercial y ecológica), zonas de reproducción, reservorio, crianza y dispersión genética, es decir, se trata de sitios donde existen los ambientes idóneos para que las especies se multipliquen, se alojen, se asegure el intercambio de genes y flujos genéticos entre especies para su mejoramiento así como su dispersión y colonización de nuevos sitios, para que una vez alcanzada su madurez puedan trasladarse a otras áreas donde son aprovechadas, además de aportar nutrientes a otros ecosistemas. Con las medidas de protección de esta subzona, se busca asegurar la continuidad de procesos ecológicos y biológicos que generen o faciliten la recuperación de especies de importancia comercial y ecológica. Los polígonos que comprenden esta subzona son:
Manglares de los Metates (Isla Coronados) - Polígono 1 
Comprende una superficie de 2.94 hectáreas, y se localiza al Oeste de Isla Coronados, la vegetación dominante es de mangle con las especies mangle negro (Avicennia germinans), mangle blanco (Laguncularia racemosa), y mangle rojo (Rhizophora mangle), especies amenazadas de acuerdo a la Norma Oficial Mexicana NOM-059-SEMARNAT-2010, así como mangle dulce (Maythenus phyllanthoides). Este ecosistema cuenta con una importancia ecológica relevante ya que es hábitat de crianza de numerosas especies de interés comercial como el pargo cola amarilla (Lutjanus argentiventris) y el pargo prieto o pargo dientón (Lutjanus novemfasciatus), además de ser zona de descanso para garzas, aves playeras y numerosas especies de aves migratorias que se detienen a alimentarse en sus alrededores. En este polígono, pescadores de la región suelen realizar limpieza del producto capturado, dejando residuos orgánicos, conocidos como "sanguaza", en playas de la Isla.
Polígono 2 Punta El Bajo (Isla Coronados), Comprende una superficie de 14.06 hectáreas y se localiza en el extremo Suroeste de Isla Coronados, contiene parches de manglar con las especies mangle negro (Avicennia germinans), mangle blanco (Laguncularia racemosa), mangle rojo (Rhizophora mangle), especies amenazadas de acuerdo a la Norma Oficial Mexicana NOM-059-SEMARNAT-2010, así como mangle dulce (Maythenus phyllanthoides), con una importancia ecológica relevante ya que es hábitat de crianza de numerosas especies de interés comercial como el pargo cola amarilla (Lutjanus argentiventris) y el pargo prieto o pargo dientón (Lutjanus novemfasciatus), además de ser zona de descanso para garzas, aves playeras y numerosas especies de aves migratorias que se detienen a alimentarse en sus alrededores. Asimismo, este polígono comprende a la playa conocida como Bahía Onda.
Polígono 3 Estero las Garzas, abarca una superficie de 10.30 hectáreas ubicado en la zona peninsular, al Sur del centro poblacional de la ciudad de Loreto, en la porción Suroeste del Área Natural Protegida y adyacente a la población de la colonia Zaragoza. Este polígono corresponde a uno de los afluentes pluviales que desemboca al Área Natural Protegida, incluye relictos de lo que fue el humedal donde se fundó la misión de Loreto, que recibe uno de los flujos de agua dulce más importantes de la región durante la temporada de lluvias. Es un hábitat de importancia para especies migratorias como el silbón americano (Anas americana) o la garza rojiza (Egretta rufescens), esta última especie en protección especial de acuerdo a la Norma Oficial Mexicana NOM-059-SEMARNAT-2010. Asimismo, es un sitio de suma importancia en términos culturales para desarrollar actividades de educación ambiental con los miembros de la comunidad Loretana.
Polígono 4 Estero Nopoló-Los Nidos, abarca una superficie de 460.20 hectáreas, ubicado en la zona costera peninsular, en la porción Oeste del Área Natural Protegida, hacia el Sur de la ciudad de Loreto y adyacente al complejo turístico de Nopoló. Comprende un conjunto de ecosistemas costeros intermareales y submareales de suma importancia ecológica y económica, y un pequeño estero con las tres especies de mangle que caracterizan los pequeños humedales de Loreto: mangle negro (Avicennia germinans), mangle blanco (Laguncularia racemosa) y mangle rojo (Rhizophora mangle), todas ellas especies amenazadas de acuerdo a la Norma Oficial Mexicana NOM-059-SEMARNAT-2010. Asimismo, este polígono presenta formaciones rocosas submareales típicas de la comunidad arrecifal de Loreto, que a pesar de haber sido explotadas a lo largo del tiempo, cuentan con una gran capacidad de recuperación, dada la complejidad de la estructura de su hábitat.
Polígono 5 Estero Puerto Escondido - Barco Hundido, abarca una superficie de 613.20 hectáreas, ubicado al Oeste del polígono del Parque Nacional, aproximadamente a 17 km al Sur de la ciudad de Loreto. Representa uno de los esteros más grandes y mejor conservados del Parque Nacional Bahía de Loreto, por sus dimensiones, este polígono juega un papel muy importante como hábitat de crianza para numerosas especies marinas. En este estero se presentan las tres especies de mangle que caracterizan los pequeños humedales de Loreto: mangle negro (Avicennia germinans), mangle blanco (Laguncularia racemosa) y mangle rojo (Rhizophora mangle), todas especies amenazadas de acuerdo a la Norma Oficial Mexicana NOM-059-SEMARNAT-2010. Asimismo, es hábitat de numerosas especies de peces e invertebrados de interés comercial en sus estados juveniles y larvarios, que se refugian en los mantos de rodolitos, sargazos y manglares. Cabe destacar que este polígono incluye un arrecife artificial, conformado por un barco de la marina que fue hundido a principios de siglo.
Polígono 6 Manglares de Ligüi. Comprende una superficie de 6.56 hectáreas, localizado en el extremo sur de la porción costera del Parque Nacional. En este polígono la vegetación principal es el mangle rojo (Rhizophora mangle) y mangle negro (Avicennia germinans) especies amenazadas de acuerdo a la Norma Oficial Mexicana NOM-059-SEMARNAT-2010 y de una importancia ecológica relevante ya que es hábitat de crianza de numerosas especies de interés comercial como el pargo cola amarilla (Lutjanus argentiventris) y el pargo prieto o dientón (Lutjanus novemfasciatus), además de ser zona de descanso para garzas, aves playeras y numerosas especies de aves migratorias como el grebe de cuello negro (Podiceps nigricolilis) y playero occidental (Calidris mauri) que se detienen a alimentarse en sus alrededores.
Polígono 7 Punta Lobos (Isla Carmen), abarca una superficie de 102.40 hectáreas, y se encuentra ubicado en el extremo Noreste de la Isla del Carmen, y comprende uno de los sitios de mayor explotación de garropa (Mycteroperca jordani), especie cuyas poblaciones reproductivas se localizan en las rocas a profundidades mayores a 30 metros, que cuentan con el potencial de recuperar esta especie en el área circundante. Asimismo, este polígono comprende un sitio excepcionalmente rico en relación a los peces de arrecife, además es una de las colonias más importantes del lobo marino de California (Zalophus californianus), especie sujeta a protección especial de acuerdo a la Norma Oficial Mexicana NOM-059-SEMARNAT-2010.
Polígono 8 Piedra de La Choya, abarca una superficie de 121.99 hectáreas, y se ubica en la punta Noreste de la Isla del Carmen, comprende una de las formaciones submarinas más productivas del Parque Nacional Bahía de Loreto, comprendida por un arrecife que corre de Norte a Sur, a lo largo de más de dos kilómetros, cuenta con formaciones escarpadas de alto relieve. Es un sitio de suma importancia para especies consideradas como vulnerables por la Unión Internacional para la Conservación de la Naturaleza como la garropa (Mycteroperca jordani), la cabrilla pinta (Mycteroperca prionura) y la cabrilla sardinera (Mycteroperca rosacea). También es un área de suma importancia para especies de interés ornamental listadas como especies sujetas a protección especial en la Norma Oficial Mexicana NOM-059-SEMARNAT-2010, como el ángel rey (Holacanthus passer), la damisela azul y amarillo, y la castañuela mexicana (Chromis limbaughi). Este polígono comprende el islote conocido como La Choya.
Polígono 9 Estero de Bahía Balandra, abarca una superficie de 6.07 hectáreas, se ubica al Noroeste de la Isla del Carmen, y comprende parches de manglar sumamente pequeños, pero que cuentan con una importancia ecológica relevante, ya que son los hábitat de crianza de numerosas especies de interés comercial como el pargo cola amarilla (Lutjanus argentiventris) y el pargo prieto o pargo dientón (Lutjanus novemfasciatus), además de ser sitios de descanso para garzas, aves playeras y numerosas especies de aves migratorias que se detienen a alimentarse en sus alrededores. En este polígono, pescadores de la región suelen realizar limpieza del producto capturado, dejando residuos orgánicos, conocidos como "sanguaza", en la playa del estero, provocando; generación de residuos sólidos, acumulación de materia orgánica, modificaciones tróficas y fogatas, situación que ha provocado que aves ya no utilicen dichos sitios, por lo que se deben restringir dichas actividades.
Polígono 10 Bahía Márquez -- Bajo El Murciélago (Isla del Carmen), abarca una superficie de 1,032.77 hectáreas, se ubica en la porción Suroeste de la Isla del Carmen, y resalta por la importancia de dos áreas submarinas únicas en el Parque Nacional Bahía de Loreto: los Picachos y el Bajo del Murciélago. La zona de los Picachos, además de ser un sitio de espectacular belleza para las actividades de buceo recreativo, cuenta con las poblaciones más importantes hasta ahora estudiadas de la madre perla (Pinctada mazatlanica) y la almeja burra, conocida localmente como callo escarlopa (Spondylus calcifer), ambas especies en protección especial de acuerdo a la Norma Oficial Mexicana NOM-059-SEMARNAT-2010. Asimismo, en esta subzona se encuentra presente el Bajo El Murciélago, que es un sitio de alrededor de 30 metros de profundidad en los que con frecuencia se encuentran zonas de crianza de tiburón martillo (Sphyrna lewini), especie incluida en la Lista Roja de la Unión Internacional para la Conservación de la Naturaleza (IUCN) como en peligro de extinción (IUCN,2017), así como hábitat de la castañuela azul y amarillo, castañeta mexicana (Chromis limbaughi), especie sujeta a protección especial de acuerdo a la Norma Oficial Mexicana NOM-059-SEMARNAT-2010.
Polígono 11 Punta Faro Norte (Isla Danzante), comprende una superficie de 52.23 hectáreas, se ubica en el extremo Norte de la Isla Danzante, en la porción Suroeste del Parque Nacional, y representa una de las zonas con mayor estructura y complejidad de hábitat de la región. Además de la piedra de la Choya, la punta Norte de la Isla Danzante es el único sitio en el Parque Nacional en el que se ha observado la cabrilla pinta (Mycteroperca prionura), especie enlistada por la IUCN como especie vulnerable. Por sus escarpadas formaciones y su rápida inclinación batimétrica, esta punta cuenta con una de las poblaciones más importantes de coral negro (Antiphates galapagensis), y es hábitat importante para la tortuga golfina (Lepydochelis oliveceae), y la tortuga prieta (Chelonia mydas agazis), especies en peligro de extinción de acuerdo a la Norma Oficial Mexicana NOM-059-SEMARNAT-2010.
Polígono 12 Bajo El Currigan, comprende una superficie de 3,146.34 hectáreas, se ubica al Sur de la Isla del Carmen y al Suroeste de la Isla Danzante, también conocido como el Bajo del finado Cuco. Es una cordillera de montañas submarinas que corre a lo largo de más de seis kilómetros en dirección Norte-Sur que en su lado Oeste tiene un cantil de más de 800 metros de profundidad, separado de la Isla Danzante. Estas características batimétricas resultan en un sitio para importantes florecimientos de nutrientes, que representan una importante fuente de alimentación de especies que visitan el sitio. Con frecuencia se encuentran grandes familias de delfín común de rostro corto (Delphinus delphis), la ballena azul (Balaenopotera musculus), la ballena de aleta (Balaenoptera physalus), ballena de Bryde (B. edeni), ballena jorobada (Megaptera novaengliae), entre otros, que se alimentan en la zona. Estas especies se encuentran sujetas a protección especial conforme a la Norma Oficial Mexicana NOM-059-SEMARNAT-2010. Asimismo, este polígono destaca por la presencia de grandes praderas de sargazo (Sargassum spp.), que representan un importante hábitat de reclutamiento de peces, cuyos alevines viajan grandes distancias para recolonizar otros ambientes. Es una de las zonas donde se han observado mayores agregaciones reproductivas de la cabrilla sardinera y la población más grande de garropa dentro del Parque Nacional. En el lado Este de la Isla Danzante, la pendiente baja suavemente formando largos campos de rodolitos (algas calcáreas), de suma importancia para el reclutamiento de numerosas especies de importancia ecológica y comercial.
Polígono 13 Blanquizal (Isla Montserrat), abarca una superficie de 103.98 hectáreas, ubicado al Oeste de la Isla Montserrat, está compuesto por un arenal que representa uno de los últimos refugios de la almeja reina (Megapitaria aurantiaca) y el caracol burro (Strombus galeatus), ambas especies reportadas en estudios de historia ambiental regional, como abundantes en el pasado y muy escasa en el presente. De igual manera, este polígono es también un refugio importante para el pepino de mar (Isostichopus fuscus), especie de gran importancia en la economía pesquera regional y sujeta a protección especial de acuerdo a la Norma Oficial Mexicana NOM-059-SEMARNAT-2010.
Polígono 14 Zona Oeste Isla Santa Catalana o Santa Catalina, abarca una superficie de 542.43 hectáreas, ubicado al Oeste de la Isla Catalana, en la porción más oriental del polígono del área natural protegida, y representa el único sitio en la región donde se encuentra el coral solitario (Fungia distorta) perteneciente al género Fungia.
Polígono 15 La Lobera (Isla Catalana o Santa Catalina), abarca una superficie de 3.83 hectáreas, ubicado en el extremo Noreste de la Isla Catalana o Santa Catalina, y representa la segunda colonia permanente más importante del Parque Nacional Bahía de Loreto en la que se reproduce y se alimenta el lobo marino de California (Zalophus californianus), especie sujeta a protección especial conforme a la Norma Oficial Mexicana NOM-059-SEMARNAT-2010.
Esta subzona comprende sitios de refugio para aves y tortugas marinas; y por la presencia de manglar, cabe señalar, que las aguas de esta subzona fungen como hábitat y refugio de numerosas especies de peces, moluscos y crustáceos, principalmente durante los primeros estadíos de larvas de numerosas especies marinas. Por lo anterior, representa un atractivo para la observación de flora y fauna.
Las características geofísicas de la subzona brindan áreas de refugio y descanso de pescadores ante mal tiempo, sin embargo, se hace necesario precisar que en esta subzona no se permite la pesca. En este sentido, estos ambientes son importantes como áreas de agregación de especies, zonas de reproducción, reservorio y dispersión genética, además de aportar nutrientes a otros ecosistemas, por lo tanto se requiere que las actividades que en esta subzona se desarrollen permitan un manejo específico, para lograr su adecuada preservación. Por consiguiente, es necesario restringir las actividades de limpieza de los productos de la pesca en la playa, toda vez que la generación de dichos residuos impacta negativamente sobre las especies que utilizan las playas como áreas de anidación o reproducción. Por otra parte, el uso de embarcaciones motorizadas como los jet ski o motos acuáticas representan un alto riesgo pues se pueden generar accidentes impactando negativamente los ecosistemas de la subzona, que consisten en arrecifes rocosos y escarpados, así como el acoso hacia fauna silvestre como cetáceos y delfines, acercamiento a zonas de loberas, y desembarco en islotes que son zonas de anidación de aves; adicionalmente, esta restricción sirve para proteger la integridad de los visitantes que realizan la actividad.
Si bien es cierto que el artículo 47 BIS 1, cuarto párrafo, de la Ley General del Equilibrio Ecológico y la Protección al Ambiente, dispone que en los parques nacionales podrán establecerse subzonas de uso público y de recuperación, también es cierto que las características que la propia Ley atribuye a este tipo de subzonas no contemplan en su totalidad los objetivos de conservación establecidos en la declaratoria del Parque Nacional, particularmente en lo relativo a las características de la superficie descrita en el párrafo anterior.
En tal virtud, la Secretaría de Medio Ambiente y Recursos Naturales, por conducto de la Comisión Nacional de Áreas Naturales Protegidas, estima que es procedente utilizar el esquema alterno que prevé el Artículo Tercero Transitorio del Decreto por el que se reforman los artículos 28 y 48, y se adiciona por una lado una fracción XXXVII al artículo 3º y por otro los artículos 47 BIS y 47 BIS 1 de la Ley General del Equilibrio Ecológico y la Protección al Ambiente, publicado en el Diario Oficial de la Federación el 23 de febrero de 2005, para compatibilizar los objetivos de conservación del Parque Nacional Bahía de Loreto con las actividades que se han venido desarrollando en el lugar, las cuales corresponden a las reguladas bajo el régimen de la subzona de preservación de la Ley General del Equilibrio Ecológico y la Protección al Ambiente.
Por las características anteriormente descritas, y las razones mencionadas en los párrafos que anteceden y de conformidad con lo establecido por el artículo 47 BIS, fracción II, inciso a) de la Ley General del Equilibrio Ecológico y la Protección al Ambiente, que dispone que las subzonas de Preservación son aquellas superficies en buen estado de conservación que contienen ecosistemas relevantes o frágiles, o fenómenos naturales relevantes, en las que el desarrollo de actividades requiere de un manejo específico, para lograr su adecuada preservación; y en donde sólo se permitirán la investigación científica y el monitoreo del ambiente, las actividades de educación ambiental y las actividades productivas de bajo impacto ambiental que no impliquen modificaciones sustanciales de las características o condiciones naturales originales, promovidas por las comunidades locales o con su participación, y que se sujeten a una supervisión constante de los posibles impactos negativos que ocasionen, de conformidad con lo dispuesto en los ordenamientos jurídicos y reglamentarios que resulten aplicables, en correlación con lo previsto por los artículos Tercero, Quinto, Sexto y Séptimo del Decreto por el que se declara área natural protegida, con el carácter de Parque Marino Nacional, la zona conocida como Bahía de Loreto, ubicada frente a las costas del Municipio de Loreto, Estado de Baja California Sur, publicado en el Diario Oficial de la Federación el 19 de julio de 1996, es que se determinan como actividades permitidas y no permitidas en esta Subzona de Preservación Marina y Humedales, las siguientes:
 Actividades en PreMH - Subzona de Preservación Marina y Humedales 
Actividades permitidas
Actividades no permitidas
1. Actividades productivas de bajo impacto ambiental. 2. Colecta científica de ejemplares de la vida silvestre. 3. Educación ambiental Filmaciones, actividades de fotografía, la captura de imágenes o sonidos por cualquier medio, que no requieran de equipos compuestos por más de un técnico especializado como apoyo a la persona que opera el equipo principal 5. Investigación científica y monitoreo del ambiente 
6. Tránsito de embarcaciones
1. Acuacultura 2. Anclarse en los arrecifes, así como remover sedimentos del fondo marino 3. Aprovechamiento extractivo de vida silvestre, salvo para colecta científica 4. Extracción de agua marina 5. Instalar plataformas o infraestructura de cualquier otro índole, que afecte o represente riesgo para la preservación del área 6. Introducir especies exóticas, incluyendo las invasoras 7. Limpiar, procesar o tirar productos provenientes de actividades pesqueras 8. Pesca en todas sus modalidades 9. Realizar actividades de dragado o de cualquier otra naturaleza que generen la suspensión de sedimentos, o provoquen áreas con aguas fangosas o limosas dentro del área natural protegida o en zonas aledañas 10. Recorridos en embarcaciones motorizadas, salvo para las actividades de bajo impacto ambiental 11. Tirar o abandonar desperdicios en las playas adyacentes 12. Turismo 13. Usar cualquier aparato de sonido que altere el comportamiento de las poblaciones o ejemplares de vida silvestre 14. Utilizar lámparas o cualquier fuente de luz para aprovechamiento u observación de ejemplares de la vida silvestre, salvo para la investigación científica y monitoreo ambiental 15. Verter o descargar contaminantes, así como desarrollar cualquier actividad contaminante 16. Recorridos en vehículos motorizados tipo jet ski o motos acuáticas
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